МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ

S.S. Ivakhno, O.I. Kornelyuk, O. P. Mintser

Анотація


Мікроаррей-технології або ДНК-чіпи дозволяють проводити кількісний аналіз експресії десятків тисяч генів. В даній роботі описана нова програма Microarraytool для аналіу ДНК мікроаррей-даних, яка дозволяє
проводити трансформацію та нормалізацію даних, виконувати кластерний аналіз та порівнювати різні
експерименти за ддопомогою статистичного аналізу. Імплементовано такі методи кластерного аналізу: ієрархічний
кластерний аналіз, метод кластеризації k-середніх, карти ознак, що самоорганізуються (SOM) та SOTA-
кластеризація. Проведено тестування алгоритмів для кластерного аналізу для мікроаррей-даних Стенфордської бази даних з експресії первинних фібробластів людини для 8613 індивідуальних генів на різних часових
проміжках після стимуляції. Аналіз даних показав коректне виконання алгоритмів, імплементованих в програмі Microarraytool


Ключові слова


ДНК-мікроарреї; біоінформатика; кластерний аналіз.

Повний текст:

PDF

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


##submission.copyrightStatement##